感恩節的失蹤
故事發生在賓夕法尼亞州一個陰冷的小鎮。凱勒·多佛（休·傑克曼 飾）是一名虔誠的基督徒，經營著一家小型木工作坊，生活並不富裕但家庭穩定。感恩節當天，凱勒一家前往鄰居富蘭克林·布奇一家做客聚餐。兩家的小女兒——六歲的安娜·多佛和喬伊·布奇——飯後跑出去玩耍，說要回安娜家找一個丟失的紅色口哨。然而她們再也沒有回來。
兩家人開始瘋狂搜尋。安娜的哥哥拉爾夫回憶起街上曾停著一輛破舊的房車（RV），女孩們之前曾在車旁玩耍。警方迅速鎖定這輛車，並在當晚找到了它。司機是一名智力發育遲緩的青年亞歷克斯·瓊斯（保羅·迪諾 飾），他試圖駕車逃跑時撞上了一棵樹，隨即被逮捕。
嫌疑人釋放與父親的失控
負責此案的警探大衛·洛基（傑克·葛倫霍 飾）是一個從未留下懸案記錄的刑警，他對亞歷克斯進行了審訊。但亞歷克斯的智力水平僅相當於十歲兒童，幾乎無法給出連貫回答。法醫在房車內沒有找到任何DNA或物證。依照法律，警方必須在48小時內提出指控或釋放嫌疑人。證據不足，亞歷克斯被釋放了。
釋放當晚，凱勒在停車場截住亞歷克斯，對方低聲說了一句：“她們只哭了一會兒就安靜了。“這句話徹底點燃了凱勒。但亞歷克斯的監護人、他的”姑姑”霍莉·瓊斯（梅莉莎·李歐 飾）迅速將他帶走，警方認為這句話不足以構成證據。
對警方徹底失望的凱勒做出了一個極端決定：他找到一處廢棄公寓樓，將亞歷克斯綁架並秘密囚禁起來，用暴力手段逼迫他交代女孩的下落。鄰居富蘭克林起初極力反對，但在絕望和凱勒的施壓下也成了共犯。兩家的妻子雖然痛苦，卻在道德困境中無力阻止。
洛基的調查：迷宮符號與死胡同
與凱勒的私刑平行，洛基通過正規渠道展開調查，追查每一條線索。
他先是在一名當地牧師帕特里克·鄧恩的地下室發現了一具腐爛多年的屍體。牧師聲稱此人曾來向他懺悔，承認自己殺害過多名兒童，牧師隨後將他殺死。這具屍體的脖子上佩戴著一個迷宮形狀的吊墜，這個符號在後續調查中反覆出現。
洛基接著追查到另一個可疑人物鮑勃·泰勒。此人行為極其詭異：家中堆滿了迷宮圖案的畫作和裝著豬血的箱子，還曾從商店偷走兒童衣物。警方一度認為他就是真正的綁匪，但泰勒在審訊室裡突然從警員身上搶過手槍開槍自殺。後續調查表明，泰勒本人也是一個曾經被綁架的受害者，他是在強迫性地模仿當年施加在自己身上的行為，而非真正的作案人。這條線索再次斷裂。
凱勒的私刑與道德崩塌
另一邊，凱勒對被囚禁的亞歷克斯施以越來越殘忍的手段——滾燙的水、長時間的禁閉、反覆的毆打。隨著天數增加，凱勒不再像一個絕望的父親，而越來越像一個施虐者。亞歷克斯在折磨中說出一些含混的話——關於迷宮、關於”成為看不見的人”——還曾說出”我不是亞歷克斯”，暗示他可能生活在一個假身份之下。但凱勒無法從這些碎片中拼出有用的資訊。
喬伊獲救與線索轉向
案件出現第一個重大轉折：喬伊被發現了。她獨自出現在街頭，身體虛弱、精神恍惚，顯然被下過藥。她被送往醫院後逐漸恢復，但只能斷斷續續地說出一些資訊。她提到被關在一個有很多房間的地方，還模糊地描述了一個給她喂藥的人。
洛基去探望喬伊時，喬伊看著凱勒的臉突然變得恐懼——這是因為凱勒曾出現在囚禁她的地方附近。洛基由此開始懷疑凱勒牽涉其中。與此同時，喬伊的證詞中有一些細節指向了一個出乎意料的方向。
真相揭露：霍莉·瓊斯與”對上帝的戰爭”
所有線索最終匯聚到一個人身上：亞歷克斯的”姑姑”霍莉·瓊斯。
霍莉和她已故的丈夫原本是虔誠的基督徒，多年前他們唯一的親生兒子因癌症去世。這場喪子之痛徹底摧毀了他們的信仰。他們開始了一場瘋狂的”向上帝宣戰”——通過綁架其他人的孩子，讓更多家庭失去信仰、陷入絕望。在他們扭曲的邏輯中，每一個因失去孩子而質疑上帝的父母，都是他們”戰爭”的一次勝利。並非所有被綁架的孩子都倖存了下來。
亞歷克斯的真名叫巴瑞·米蘭德。他是霍莉夫婦多年前綁架的第一批孩子之一，在長期囚禁和精神摧殘下智力嚴重退化，最終被他們當作”養子”留在身邊。牧師地下室裡那具戴著迷宮吊墜的屍體，正是霍莉的丈夫——他某天找到牧師想要懺悔，牧師發現真相後將他殺死。丈夫死後，霍莉獨自繼續著這場罪行。
凱勒在自己追查的過程中來到霍莉家，霍莉卻先下手為強，用藥物使凱勒失去行動能力，然後將他關進了自家後院一輛車下面的地下坑洞——與當年關押被綁架孩子的方式一模一樣。
結局：營救、槍聲與口哨
洛基通過彙總種種線索——喬伊的描述、迷宮吊墜的來源、霍莉家附近的藥物痕跡——最終鎖定霍莉就是真兇。他趕到霍莉家時，霍莉正準備帶著安娜逃走。在對峙中，霍莉用槍射中了洛基，但洛基在重傷之下開槍擊斃了霍莉，並在房屋內找到了被下藥昏迷但仍然活著的安娜。安娜被緊急送往醫院，最終與家人團聚。亞歷克斯（巴瑞·米蘭德）也被解救，與他真正的親人重新聯絡。
但凱勒仍然下落不明。
警方在霍莉家進行了大規模搜查，調查人員陸續撤離。洛基在現場做最後確認時，周圍已經安靜下來。就在這時，他聽到了一聲極其微弱的聲響——那是一個口哨聲，從地下傳來。正是安娜在影片開頭丟失的那個紅色口哨，此刻在凱勒手中。
電影在這裡戛然而止。洛基停下腳步，側耳傾聽。畫面切黑。
導演維勒納夫刻意不給確定答案。據編劇透露，劇組曾拍攝過凱勒被救出的明確結局，但最終選擇了這個開放式結尾。洛基有沒有真正聽清那聲口哨？凱勒能不能被救出來？一個以私刑”審判”他人的人，最終自己成了被困在地下的囚徒——他是否值得被拯救？這些問題全部留給了觀眾。
短評
英文原名《Prisoners》（意為「囚徒」）指向了片中幾乎每一個人：被綁架的孩子們是囚徒，被凱勒囚禁折磨的亞歷克斯是囚徒，凱勒自己最終也成了字面意義上的囚徒，而每一個被恐懼、憤怒和執念困住的人，同樣是囚徒。這部電影最殘酷的追問不是”誰是兇手”，而是：當制度暫時失效時，你願意走多遠去保護自己的孩子？而當你走得太遠之後，你還是原來的那個人嗎？