電影把古典神話裡「哪吒鬧海」的故事重寫成一個關於偏見、命運和少年逆反的現代寓言。所有觀眾都知道哪吒這個名字，也大致知道他最後會踩風火輪、拿火尖槍、和龍王對戰——但導演餃子把起點拉得很低：哪吒一出生就被全村人當成妖怪驅趕，他最大的心願不是打天，而是有人願意和他一起踢毽子。
靈珠與魔丸
天地間有一顆吸納日月精華的「混元珠」，元始天尊為防止它生出無窮事端，命弟子太乙真人將其煉化為兩件東西：善的一半叫「靈珠」，惡的一半叫「魔丸」。元始天尊定下天規：靈珠日後將託生為英雄降世濟蒼生，魔丸三年之期一到，必遭天劫咒擊毀。
太乙真人帶著兩件寶物準備投胎：靈珠給陳塘關總兵李靖的次子，魔丸則讓它自行消散。但他的師兄申公豹——因為是豹子精出身，在天庭受盡歧視、始終不被元始天尊正眼相待——心生怨恨，偷偷調包：他把靈珠偷給了被封印在東海海底的龍族，又把魔丸打進了李靖夫人殷夫人的腹中。
於是誕生的第一個孩子是：魔丸轉世的哪吒。
「我是魔童，我怕誰」
哪吒出生就渾身冒著黑氣，動念就能毀掉半條街。李靖本欲遵天規除去他，但殷夫人以命護子，抱著他入懷。夫婦二人決定：用最後三年時間好好養這個孩子，不讓他知道自己的身世。
陳塘關百姓不懂這些複雜因緣，只記得這孩子一出生就掀翻了半座城，從此見他就關門、見他就扔石頭、教自家孩子”離那個妖怪遠點”。哪吒就在這樣的環境裡長大——整天被關在家裡，出去就被丟爛菜葉，沒有玩伴，只能自己對著門外自嘲：“我是小妖怪，逍遙又自在。”
為了讓兒子將來能走正道，李靖去天庭求到師兄太乙真人的門下：假裝哪吒是靈珠轉世，將來要為民除害。他還偷偷去找了元始天尊，求來一張珍貴的「換命符」：貼上之後可以讓李靖的命與哪吒交換，幫哪吒擋下天劫。這張符他沒告訴任何人，包括妻子和兒子。
太乙真人把哪吒帶進師門所賜的神器「山河社稷圖」——一幅可以讓人進入的立體畫卷。在圖裡哪吒學到水遁、火尖槍、乾坤圈等法術，性格也第一次得到某種認可：原來他不只是被人嫌的妖怪，他還有能力。
海邊少年敖丙
在陳塘關外的海灘上，哪吒遇到了敖丙——一個看起來跟他差不多大、頭上還有兩根龍角的藍髮少年。兩個男孩一起踢毽子，一起救回被夜叉劫走的小女孩，結為好友。這是哪吒人生中第一個朋友，他決定帶敖丙去參加自己的三歲生辰宴。
觀眾這時候卻已經知道一些事情：敖丙正是被申公豹調包的那顆靈珠的轉世。他是東海龍王三太子。整個龍族千年來被天庭用「鎮守海底妖魔」的名義囚禁在海眼深淵，所有龍族的鱗片都被抽出來給他做了一件萬龍甲——凝聚整個族群的希望。龍王把全族背水一戰的機會寄託在敖丙身上：借靈珠之力登上仙班。
申公豹給敖丙定下的方案很殘忍：冰封整個陳塘關，掩埋所有百姓，偽裝成天災。這樣既遮住龍族出手的痕跡，又能讓敖丙借”平定禍事”之名飛昇。
生辰宴上的崩塌
哪吒三歲生辰那天，陳塘關百姓被李靖一家一家登門”求”來參宴——李靖告訴他們：這個孩子這三年沒做壞事，是個好孩子。百姓勉強到場。
就在這宴會中途，申公豹找到哪吒，告訴他一個他從不知道的真相：你根本不是靈珠轉世。你是魔丸。三天後，天劫咒下來你就要死。父母騙了你三年。
哪吒的世界在那一刻塌了。他衝出門——鎮上的百姓看見他出來，條件反射地再次喊他”妖怪”、扔石頭。情緒全面失控的哪吒身上魔性爆發，黑氣沖天，他準備把陳塘關的人一個一個擰死。
就在這一刻，敖丙為了執行龍族計劃，升起冰層開始冰封陳塘關。哪吒被從憤怒中猛地拽回現實——想屠城的不是自己，而是自己”唯一的朋友”。
哪吒撲上去阻止敖丙。兩個少年在陳塘關的上空正面開戰：一個是魔丸轉世，一個是靈珠轉世；一個被整個村子當妖怪，一個肩負著整個龍族的未來；他們本該是命運裡無法同行的對方，卻在三歲這年以敵人的姿態相遇。
換命符與「我命由我不由天」
戰鬥中，哪吒看見李靖的身影擋在自己面前，想起父親平日冷臉下對他的保護。他這才從殷夫人口中得知那張換命符的存在——父親早就準備好，如果天劫下來、他會用自己的命抵兒子的命。
「這輩子我都在為自己是魔丸這件事生氣，但我發現，這輩子最愛我的人，從來沒把我當妖怪過。」
三日之期到，天劫咒降臨。哪吒一開始想按父親的安排讓換命符生效，但他最終撕下了貼在自己身上的符——決定自己扛。他喊出了整部電影的主題：
「我命由我不由天！是魔是仙，我自己說了算！」
敖丙在這一刻也做出自己的選擇。他拿出那件由全族鱗片鑄成的萬龍甲，本來是用來對抗一切天威的——他沒有用它去保護龍族的飛昇計劃，而是披上它和哪吒並肩擋住天雷。兩個三歲的少年，一個是魔丸、一個是靈珠，在漫天霹靂下背對背撐起了一道光牆。
天劫的威力遠超想像，兩人的肉身都在雷火中化作飛灰。千鈞一髮之際，太乙真人用自己積攢了一生的七色寶蓮施法，抓住了他們兩人的靈魂。
結尾
電影的最後一個畫面是：太乙真人托著兩朵尚未成形的蓮花走回山河社稷圖，畫外音說”他們的肉身雖亡，但元神得保，蓮花重鑄之身，尚需時日”。這既是對”哪吒踩蓮花”的古典致敬，也為後來《魔童鬧海》留下了直接的續作鉤子。
同時在陳塘關，李靖和殷夫人抱著哪吒的頭巾望向天空——全城百姓第一次自願走到李家門口，為這個”妖怪孩子”磕頭謝恩。
《哪吒之魔童降世》用一整部電影證明的事情只有一件：所謂宿命，不過是別人給你貼上的標籤——而你永遠有權撕下它。