故事緊接著 2019 年《哪吒之魔童降世》的結尾：魔丸哪吒和靈珠敖丙在天劫之下雖然保住了魂魄，但肉身即將魂飛魄散。太乙真人想到一個辦法——用闡教仙界聖物「七色寶蓮」為兩人重塑肉身，讓這對亦敵亦友的少年能夠繼續存世。影片正是從這個重塑的過程開始講起。
然而七色寶蓮的功效並不完美。哪吒的肉身成功重塑了，但寶蓮的靈力只夠塑造一個軀殼——敖丙只能以靈體形態寄居於哪吒的身體裡，兩個人共用一具肉身，輪流執掌意識。
陳塘關血戰：四海龍王壓境
在正式重塑之前，就出了大事。東海龍王敖光以為兒子敖丙已經死在哪吒手裡，帶著四海龍王的大軍攻打陳塘關。海底各族妖獸——鯊魚精、章魚精、螃蟹將軍——漫山遍野湧向陳塘關城外。
陳塘關總兵李靖與夫人殷夫人親臨前線指揮，但當兩人看到太乙真人帶著重塑中的哪吒出現在戰場邊緣，兩人不約而同地飛下城頭跑去護子。留在陣前的只剩下一群人類小兵面對漫山海妖。幸虧敖光在千鈞一髮之際被敖丙（寄居於哪吒體內）的一聲呼喊阻止——他聽出了兒子的聲音，才揮兵退去，第一次對陳塘關的總攻暫時告一段落。
這次血戰雖然沒讓陳塘關覆滅，卻留下了一條明線（龍族與人類的仇恨一觸即發）和一條暗線（有人在等著這場衝突升級到不可收拾）。
玉虛宮三試：闡教的金色門檻
為了真正挽救敖丙、讓他重新擁有獨立肉身，申公豹帶著哪吒一路北上，前往闡教最核心的道場——玉虛宮。玉虛宮的掌權者是一位慈眉善目、白髮銀鬚的老仙翁，名叫無量仙翁。在闡教內部，他是元始天尊閉關期間的代理人。
無量仙翁當著群仙的面許諾：只要哪吒能通過闡教設定的三關考核，就可以得到能夠徹底重塑肉身的寶物——玉液瓊漿。三關分別對應不同的妖獸考驗：有類似”捕妖”演練的、有要深入險地尋找神獸的、也有要一對一打鬥的。
在這個過程中，哪吒也被編進了闡教的捕妖隊，一路上跟著師兄師姐”除妖”。他們進入一個由溫和的土撥鼠妖族構成的村莊（所謂”結界獸”），這裡的土撥鼠並沒有傷人的意圖，甚至還有一位老邁的母妖就是申公豹的父親。這個世外桃源一樣的村落讓哪吒開始懷疑：“我們捕的這些到底是惡妖，還是無辜的生靈？“
敖丙覺醒與申父斷臂
影片中段讓兩位主角共用肉身的設定開始釋放其戲劇性。敖丙的意識在哪吒身體裡逐漸清醒，開始和哪吒爭奪控制權。在某次遭遇捕妖隊隊友進攻時，敖丙為了自衛揮出一記重擊，正好打在前來勸阻的申公豹父親身上，生生打斷了老人的一隻手臂。
這一擊成了全片情感的轉折點。申公豹趕到現場只看到滿地血跡和父親殘缺的手臂，卻沒有查清到底是誰下的手——他一開始以為是哪吒。關於這段劇情裡”誰是兇手、是否該說出真相”的處理，成了後續整個陰謀揭穿的引信。
石磯、龍姑與海底陰影
影片的女性角色線索同時展開。敖丙的母親龍姑（使用獨門絕技”裂空爪”）暗中從東海遊走到玉虛宮外圍，試圖尋找兒子的肉身歸宿；與此同時，在海底被囚禁許久的雌性妖仙石磯——一個歷史悠久、戲份豐富的角色——也捲入其中。西海龍王敖閏（本片將她改為女性形象）、南海敖欽、北海敖順三位龍王在海底密議：如果闡教繼續扣押七色寶蓮和玉液瓊漿，他們將發起第二次也是最決絕的一次大規模反撲。
三關破局：玉液瓊漿的騙局
哪吒最終用自己的方式通過了三關考驗，回到玉虛宮的寶庫。他準備拿走玉液瓊漿救敖丙，但無量仙翁就在這一刻露出本來面目：玉液瓊漿沒有給哪吒的打算，老仙翁從一開始就沒想過救敖丙。
無量仙翁的真正目的是：製造一場”龍族屠戮陳塘關”的局面，藉此名正言順地發兵剿滅四海龍族，然後把龍族和人間被波及的妖獸一起煉成他的丹藥——玉虛宮地底深處那口巨大的煉丹鼎從一開始就是為了這個目的在燒。
哪吒趕回陳塘關的時候，一切已經晚了。四海龍王帶著妖軍攻破了陳塘關；而與此同時，玉虛宮的捕妖隊在無量仙翁的號令下也從另一個方向到達，他們比龍族更狠——陳塘關的百姓、士兵，以及趕來相助的申公豹的徒弟們、石磯、成群的土撥鼠，全部被驅趕入煉丹鼎中煉成丹藥。
殷夫人在最後一刻擋在哪吒身前，被煉丹鼎的法陣吞沒。她在消散之前對兒子說的最後一句話是：“娘從未在意過你是仙是魔，娘只知道你是我兒。“
「我生是魔，又有何干」
母親被煉為丹的那一刻，哪吒身體裡封印的魔性徹底被釋放。他和敖丙這一次不再爭奪身體的控制權，而是決定合體——兩人用最後一絲法力把敖丙的魂魄和哪吒的魔性一起融合進一具肉身中。那一刻，整個煉丹鼎被從內部炸開。
被熔岩和烈火包圍的哪吒懸浮在鼎中央，身後化出類似千手的火焰幻影，手中是那柄熟悉的火尖槍。他與敖丙隔著重生的烈焰一人吟一句”小爺是魔”、“那又如何”——這一對在第一部裡彼此廝殺、在第二部裡共用一身的少年，終於在母親死於陰謀之下的那一刻，同時接受了自己魔與妖的身份。
申公豹在這一刻也徹底和闡教決裂。他知道了真相：自己父親的斷臂與哪吒無關，真正的罪人是無量仙翁；他為玉虛宮賣命多年所抓到的所謂”惡妖”，其實很多都是被用來煉丹的無辜生靈。他領著一眾捕妖隊叛徒反戈，站到了哪吒和敖丙一邊。
最後的決戰：燒穿玉虛宮
影片最後的大段高潮是哪吒和敖丙、四海龍王、石磯以及覺醒的闡教叛徒們，對陣無量仙翁與他手下剩餘的闡教武力。無量仙翁在最後時刻拋掉他平日裡的慈祥面具，顯出一身黝黑肌肉的暴走形態，揮動一支誅心的仙器與哪吒單挑。
戰鬥持續穿越了玉虛宮的殿堂、丹道、內庭。最終，哪吒以火尖槍和混天綾配合敖丙的海水冰錐，把無量仙翁連同那口萬丈煉丹鼎一起從玉虛宮的雲臺上砸落——這一砸不僅僅是把一個反派打倒，更是把闡教那一整套”以蒼生為薪柴、以妖魔為惡名”的舊秩序連根打爆。
陳塘關已成廢墟，殷夫人已死，李靖身負重傷。但哪吒再不是那個被”仙魔二分法”束縛的魔丸。他站在被燒燬的陳塘關殘垣之上，面對四海的雲海高呼——是魔還是仙，自此之後將由他自己定義。
尾聲：新秩序的開始
片尾和片中彩蛋裡，無量仙翁的結局被刻意做了一個喜劇化的收尾（在被打得灰頭土臉的同時被眾妖獸圍攻）。但真正的重點是：闡教失去了代言人，四海龍族第一次在人間留下了盟友，哪吒以一個共享的肉身同時承載著魔和靈珠——舊神話裡那個”割肉還母、剔骨還父”的哪吒在這裡完成了徹底的現代改寫，他不再是一個被重塑、被定性、被判決的孩子，而是一個有能力反抗整個天庭秩序的主體。
導演餃子用 144 分鐘完成了這場從”我命由我不由天”（第一部）到”我生是魔又有何干”（第二部）的升級。視覺上的奇觀自不必說——四海水族、玉虛宮殿堂、煉丹鼎內部、火焰飛仙——每一場大戲都把中國動畫電影的視效推向了新的量級。而真正讓這部電影超越單純視覺奇觀的地方，是它借哪吒這個早已家喻戶曉的神話 IP 講了一個放在任何時代都不過時的故事：當一個制定規則的人把規則變成了屠戮工具，打破規則本身就是唯一的正義。